כחומר כימי, חומרי חיטוי דורשים תשומת לב מיוחדת במיקום האחסון שלהם. בדרך כלל, יש לאחסן את חומרי החיטוי במקום-מאוורר ויבש, הרחק מאור שמש ישיר ומגישה לילדים, כגון מקום קריר ויבש כמו חדר אחסון, ארון או קופסה. יתר על כן, יש להרחיק אותם ממזון ומשקאות כדי למנוע בליעה מקרית או שימוש לרעה. אם חומר החיטוי נוזלי, יש לאחסן אותו בכלי אטום כדי למנוע דליפה. בעת האחסון, יש לשמור אותו בנפרד מכימיקלים אחרים כדי למנוע תאונות.
