שיטות הייצור של קוטלי חרקים Bt מתחלקות בעיקר לשתי קטגוריות: תסיסה עמוקה נוזלית ותסיסה מוצקה למחצה-. שיטת הייצור הדו--שלבי, טכנולוגיית ייצור קוטלי חרקים Bt יעילה, פשוטה ופרקטית שפותחה באמצעות שיפורים וחידושים המבוססים על שיטת התסיסה המוצקה למחצה, היא בעלת תהליך ייצור פשוט וניתן להגדיל או להקטין אותה, מה שהופך אותה למתאימה במיוחד לקידום בארגונים קטנים ובינוניים{4} כפריים. זה יכול להפחית משמעותית את עלות הייצור של קוטלי חרקים ומילא תפקיד חיובי בפיתוח של חומרי הדברה מיקרוביאליים. הוא יעיל במיוחד נגד מזיקים ירקות שאוכלים-עלים כגון זחלי כרוב ועש גב יהלום. השליטה שלה בתולעי כותנה ובזחלים מאורנים זוכה לקידום נרחב.
ביישום בשטח, כדי להבטיח איכות קוטל חרקים, יש לעמוד בתנאי הטמפרטורה לצמיחה מהירה של חיידקי Bt; ככל שהטמפרטורה גבוהה יותר, כך הפתוגניות חזקה יותר. יש להימנע מאור שמש חזק, שכן קרינה אולטרה סגולה עלולה לפגוע בחיידקי Bt. עדיף למרוח את חומר ההדברה לאחר השעה 16:00. כמו כן, יש לשים לב להרגלי החיים ולרגישותם של מזיקים היעד, היבול המארח ותנאי הסביבה ויישום סינרגיסטים. לדוגמה, כדי לשלוט על קודבים, יש למרוח חומרי הדברה 2-3 פעמים במהלך שיא תקופת בקיעת הביצים, יעיל במיוחד נגד כדורי תירס. ברגע שהקודים נברו בגבעול, הבקרה הופכת פחות יעילה. עבור מכבשי תירס, יש לשלוט בקפדנות על היישום בסוף שלב הסחרור כדי להשיג תוצאות טובות. עבור תולעי בול, יישום 2-3 ימים לאחר שיא תקופת הטלת הביצים מניב תוצאות משמעותיות. לחקלאים מקומיים יש ניסיון בהדברת מזיקים על ידי חיסול החרקים והכוונה לביצים, לא לזחלים. בדרך זו, כאשר הזחלים בוקעים, הם בולעים את קוטל החרקים ברגע שהם פורצים דרך קליפת הביצה, ומתים מהר מהרעלה. ההשפעה השיורית של קוטלי חרקים B2 נמשכת בדרך כלל 7-10 ימים. אם יורד גשם לאחר היישום, מי הגשמים ישטפו את חומר ההדברה, ויצריך ריסוס חוזר.
שיטות היישום כוללות ריסוס, ניקוי אבק, יישום סחרור וריסוס אווירי. ללא קשר לשיטה, הקפידו על יישום אחיד כדי להבטיח שלמזיקים יש הזדמנות להאכיל, ובכך להשיג אפקט הרג. כאשר מוסיפים קוטלי חרקים Bt לכמויות קוטליות של קוטלי חרקים כימיים או מעורבבים עם קוטלי חרקים מיקרוביאליים אחרים, הם יכולים להשיג אפקט סינרגטי, המגדיל באופן משמעותי את שיעור התמותה של מזיקים. לחומרי הדברה ביו המנוסחים עם קוטלי חרקים Bt וחומרים ביולוגיים אחרים יש ספקטרום קוטלי חרקים רחב יותר והם פופולריים בקרב צרכנים.
